图计算加速架构综述

严明玉1,2,3 李 涵1,2 邓 磊3 胡 杏3 叶笑春1 张志敏1 范东睿1,2 谢 源3

1(计算机体系结构国家重点实验室(中国科学院计算技术研究所) 北京 100190)2(中国科学院大学 北京 100049)3(美国加州大学圣塔芭芭拉分校 美国加利福利亚州圣塔芭芭拉 93106)

摘 要 在大数据时代,图被用于各种领域表示具有复杂联系的数据.图计算应用被广泛用于各种领域,以挖掘图数据中潜在的价值.图计算应用特有的不规则执行行为,引发了不规则负载、密集读改写更新操作、不规则访存和不规则通信等挑战.现有通用架构无法有效地应对上述挑战.为了克服加速图计算应用面临的挑战,大量的图计算硬件加速架构设计被提出.它们为图计算应用定制了专用的计算流水线、访存子系统、存储子系统和通信子系统.得益于这些定制的硬件设计,图计算加速架构相比于传统的通用处理器架构,在性能和能效上均取得了显著的提升.为了让相关的研究学者深入了解图计算硬件加速架构,首先基于计算机的金字塔组织结构,从上到下对现有工作进行分类和总结,并以多个完整架构实例分析应用于不同层次的优化技术之间的关系.接着以图神经网络加速架构的具体案例讨论新兴图计算应用的加速架构设计.最后对该领域的前沿研究方向进行了总结,并放眼于未来探讨图计算加速架构的发展趋势.

关键词 图计算;图神经网络;加速架构;不规则访存;数据局部性;动态访存调度;负载均衡

大数据时代,越来越多的数据采用图结构进行表示.图是一种能够表达对象之间复杂关系的数据存储方式,被广泛用于表示人际关系、分子拓扑结构、大脑神经元链接等.图数据中蕴含着丰富的信息,图计算应用是一种挖掘图数据中隐含价值的重要应用.为了快速处理图数据和应对不断增长的图数据,图计算应用被广泛部署于各大数据中心,成为数据中心的典型应用.

源于图的无结构特性,图计算应用在现有通用架构上无法被高效执行.现实生活中的图没有固定的结构,节点的出边分布极度不均匀,节点与节点之间的连接极为随机.由于图计算应用的执行行为依赖于图数据,图数据的以上特性导致图计算应用的执行行为非常不规则.这种不规则的执行行为导致现有的通用架构在计算、访存和通信3个方面都面临巨大挑战.在计算方面,计算单元面临负载不均衡、密集读改写更新等挑战,导致基于CPU和GPU的图计算软件框架的性能严重不足.在访存方面,不规则的细粒度访存导致CPU的L2和L3 Cache的命中率极低[1],Cacheline利用效率低下,同时也导致了GPU的SIMT(single instruction multiple threads)执行模型遇到了大量的访存歧义(memory diver-gence).在多节点计算、存储系统方面,不规则的细粒度通信,导致了大量无效通信和通信带宽浪费.

为了应对图计算应用带来的挑战,为图计算定制专用的加速架构是一种高效的解决方案.它能够为数据中心带来数百倍的性能提升和数千倍的能耗提升.图计算加速器的设计理念是根据图计算应用的操作特性改造硬件数据通路,量身定制计算流水线、内存子系统、存储子系统和通信子系统,从而为图计算应用的操作进行固化的硬件表达.近年来,大量的图计算加速架构设计被提出,从不同的角度采取多样的方法解决图计算应用的各项挑战.

为了让相关的研究人员对图计算加速架构的研究现状和发展方向有深入的了解,本文从现有工作出发探讨图计算加速架构设计面临的关键问题和主要解决方法.值得关注的是,本文还着重探讨了一种新兴的图计算应用,即图神经网络.该新兴图计算应用同时具有传统图计算应用和传统神经网络应用的执行特征,并且还具有与传统应用不同的计算和访存特征.例如,由于节点的属性是高维数据,所以节点的属性访问是粗粒度的不规则访问,与传统图计算的细粒度不规则访问不同.除此之外,本文还对图计算加速架构的前沿研究问题进行了归纳和总结,并放眼于未来探讨其发展趋势.本文的工作具有一定的指导作用,读者能够快速明白传统图计算应用加速架构和新兴图神经网络加速架构的设计要点、关键问题及对应的解决方案,了解目前图计算加速架构设计的趋势和机遇,并且将相应的概念和技术应用到未来的图计算加速架构的设计上.

现有调研文献[2]是基于硬件平台对现有的图计算加速工作进行分类,涵盖了现场可编程门阵列(field programmable gate array, FPGA)、3D-stacking、特定应用集成电路(application specific integrated circuit, ASIC)、GPU,目的是对每个工作的设计思想进行介绍.文献[3]基于图计算加速的主要技术(预处理、并行图计算和运行时调度)对现有工作分类.本文的分类方法与前人不同.本文从图计算加速架构的设计角度出发,基于计算机的金字塔组织结构[4],从上到下,根据图计算应用带来的挑战、衍生的问题和解决方案对现有工作进行分类和总结,并为前人的调研工作补充了许多新的先进设计,以及加入了新兴的图神经网络加速架构的研究工作.除此之外,本文也从图计算加速架构的测试评估与全栈设计角度出发,对未来的研究方向进行了展望.

Fig.1 CSR representation
图1 CSR格式

本文的主要贡献包括3个方面:

1) 以加速图计算应用遇到的关键挑战为导向,以解决方案为核心,基于计算机金字塔组织结构,从上到下,逐层对图计算加速架构的研究现状进行了系统的归纳和总结,并以具体例子分析了不同层次优化技术之间的关系.

2) 以具体图神经网络加速架构设计作为例子,着重介绍和总结了新兴图计算应用(图神经网络)与其特定的加速器设计.继神经网络加速架构之后,图神经网络加速器必将掀起新的研究和产业化热潮.

3) 从图计算加速架构评估与设计的角度对图计算加速架构进行了展望,指出了全栈式设计方案是实现产业化应用的关键,并阐述了基于RISC-V生态环境,有助于快速且低成本地实现图计算加速架构的设计方案.

1 图计算应用背景

在本节中,我们主要描述了图的特征和图的存储方式、主要的图计算编程模型、典型的传统图计算算法和新兴图神经网络模型.

1.1 图的表示与特征

图(graph)是一种用于表示对象之间联系的抽象数据结构,通常被定义为G=(V,E).每个对象在图中被定义为节点,V表示节点的集合.每个对象间的联系在图中被定义为边,E表示边的集合.集合E中每一条边e(vi,vj)表示节点vi与节点vj的链接.根据边是否有方向和权值,图又可细分为有向无向图和有权无权图.对于有向图,边e(vi,vj)表示节点vi可以从自身(源节点(source vertex))出发到达vj目的节点(destination vertex).节点的出度表示从该节点出发单跳能达到的节点数目,对应的边被称为出边.节点的入度表示从其他节点出发单跳能到达该节点的节点数目,对应的边被称为入边.这些直接链接的节点互相被称为1-hop邻居节点.

现实生活中的图大部分结构不固定、极为稀疏且节点度数服从scale-free(power-law)分布,但局部却具有强集合结构(strong community structure)[5].由于现实场景的不确定性,对象间的联系具有极高的随机性,因此每个对象的链接数目和被链接的对象极为不固定.同时由于绝大部分对象之间是不存在联系的,因此现实生活中的图又是极度稀疏的.除此之外,图数据还存在相对少量的节点与大量其他节点相连的分布特征[6].例如大家熟知的名人效应,名人的被关注人数是非常多的,而大部分关注名人的人本身却只被少量的人所关注.同时,现实生活中的图,局部还存在各类群体等所体现出的强集合结构.

为了提高图数据的存储效率,非常多的数据结构被提出用于去除稀疏,压缩有效图数据.CSR(compressed sparse row)和CSC(compressed sparse column)是其中使用最广泛的2种.这2种结构通常包含3种数组:偏移数组、边数组和节点属性数组.偏移数组中的元素指的是用于索引每个节点的边表(1-hop邻居节点编号集合)在边数组中的偏移.边数组保存的是1-hop邻居节点编号,编号在每个节点的边表中是顺序的.CSR格式的数组用于保存出边,而CSC格式用于保存入边.节点属性数组用于保存每个节点的属性.如图1所示,是CSR的数据格式.

1.2 图计算的编程模型

为了增强软件框架或硬件的表达能力,以及挖掘图计算应用的并行性,图计算应用专用的编程模型应运而生.主流的编程模型有Vertex-centric编程模型和Edge-centric编程模型,这2种模型都可以被GAS(Gather,Apply,Scatter)[7]模型统一表示.Gather函数主要是根据每个节点的入边收集邻居的信息.Apply函数主要是对收集到的信息进行加工以更新节点的属性信息.Scatter函数是将更新之后的信息根据出边扩散到所有邻居节点.这3个函数会持续迭代执行,直到迭代次数达到指定次数或者计算结果完成收敛.

Vertex-centric模型在文献[8]中被提出之后,广泛用于各种图计算加速架构中.如算法1所示,该模型的核心思想是“think like a vertex”,即从每个源节点或者激活节点出发进行扩散操作,并将信息传递到邻居节点.每个激活节点的计算,以及属于每个激活节点的每一条边的计算和信息传递都是独立的,可挖掘的并行度非常高.Edge-centric模型在文献[9]中被提出.如算法2所示,该模型的核心思想是基于边执行节点的计算.从每一条边出发,为该边的目的节点收集源节点的信息,并用该信息更新目的节点.由于所有的边处理可以同时执行,并行度也非常高.上述模型在实现中可具体表示为Process_edge,Reduce,Apply这3个依据算法可配的自定义函数.在遍历边的过程中,Process_edge函数用于处理被遍历的边,获得边处理结果.例如在最短路径算法中,利用源节点的属性值和边上的权重计算2点的距离.然后边处理结果被送入Reduce函数中,与相应节点的临时节点属性进行比较.例如在最短路径中,完成前后2段距离的比较.最后,待所有的边遍历结束之后,Apply函数利用节点临时属性和一些常量节点属性完成节点属性的正式更新.

Vertex-centric和Edge-centric编程模型的主要区别在于访存行为和计算效率2方面.访存行为方面,Vertex-centric编程模型在每一次的迭代中,从激活节点出发,利用激活节点的编号访问偏移数据,接着利用偏移在边数组中对边表进行访问,然后根据边表内的邻居节点编号对所有邻居节点的节点属性进行访问.由于需要利用激活节点编号对偏移数据进行索引并且需要利用偏移数据对边表进行索引,所以对于每个激活节点,其对偏移数据及边表第1条边的访问是不规则的,而对其剩余的其他出边的访问则是顺序的.需要注意是,对于全节点遍历算法,由于所有节点的邻居都会被访问,所以不存在对偏移数据和边数据的不规则访问.此外,利用邻居节点编号索引邻居节点的属性数据,则导致了间接且不规则的细粒度访存,图1展示了对节点属性数据的不规则访问.Edge-centric编程模型则在每一次的迭代中遍历所有的边,执行过程能够以流(stream)方式连续访问所有的边数据.因此,Edge-centric编程模型不产生对偏移数据和边数据的不规则访存,但对目的节点的访问仍然是不规则的细粒度访存.计算效率方面,Vertex-centric编程模型在每一次迭代中只遍历上一次迭代被激活(被修改)节点的出边,而Edge-centric编程模型在每次迭代都需要遍历所有边,会造成许多无效计算和访存.

算法1. Vertex-centric编程模型.

① while 仍未结束

Scatter阶段:

③ for 每个节点v do

④ if v具有更新u then

⑤ 通过v的出边发送u给邻居节点;

⑥ end if

⑦ end for

Gather阶段:

⑨ for 每个更新u do

⑩ if 更新条件满足 then

更新节点u.dest;

end if

end for

end while

算法2. Edge-centric 编程模型.

① while 仍未结束

Scatter阶段:

③ for 每条边e do

④ if 节点e.src具有更新u then

⑤ 发送u给节点e.dest;

⑥ end if

⑦ end for

Gather阶段:

⑨ for 每个更新u do

⑩ if 更新条件满足 then

更新节点u.dest;

end if

end for

end while

除了Vertex-centric和Edge-centric这2种主流的编程模型之外,还有一些其他的编程模型.例如,结合Vertex-centric和Edge-centric编程模型优点的混合编程模型[10]、以数据为中心的Data-centric编程模型[11]等.混合模型的核心是基于激活节点的数目,在每一个迭代动态选择Vertex-centric或者Edge-centric编程模型,以实现顺序访存和无效计算的tradeoff.Data-centric编程模型主要是将点和边都视为数据,并提出“图处理实际上是对数据修改”的概念,该模型为点和边数据的修改设计了基于Advance,Filter,Compute这3种函数的统一上层接口,用户可以直接定义具体的数据加工函数.Data-centric模型不仅在GPU取得一定的性能提升,还提供了灵活的可编程性.

1.3 图计算应用

图计算应用主要包含了传统的图计算应用和新兴的图计算应用(图神经网络).

传统的图计算应用根据每个迭代是否遍历所有节点可以分成全节点遍历(stationary)算法和激活节点遍历(non-stationary)算法[12].Stationary的典型算法是PR(PageRank)、半径估计(diameter esti-mation)、弱连通分量(weakly connected components)等.由于节点在每个迭代都会更新,也即所有边都会被遍历,所以通常使用Edge-centric编程模型能够获得更好的性能.Non-stationary的典型算法是宽度优先搜索(breadth first search, BFS)、深度优先搜索(depth first search, DFS)、单源最短路径(single source shortest path, SSSP)、单源最宽路径(single source widest path, SSWP)和连通分量(connected components, CC)等.每个迭代过程都从激活节点出发,为了减少冗余计算,一般使用Vertex-centric编程模型能够获得更好的性能.对典型算法的具体介绍为:

BFS是最基本的图搜索算法之一.如图2(a)所示,它从选定的起始节点(根节点)出发,沿着图的宽度方向遍历图中的所有节点.

DFS也是最基本的图搜索算法之一.如图2(b)所示,它从选定的起始节点(根节点)出发,沿着图的深度方向遍历图中的所有节点.

Fig.2 Traditional graph processing examples
图2 传统图计算应用例子

SSSP算法是最基本的寻找最短路径的算法之一.它从选定的根节点出发,在权重图中寻找到达图中所有节点的最短路径.主要的实现方式有Dijkstra算法和Bellman-Ford算法.

SSWP算法是从选定的根节点出发,在权重图中寻找到达图中所有节点的路径,并使路径中的最小权重边缘最大化.最宽路径问题在网络路由问题、数字合成和投票理论等领域有着广泛的应用.例如,在2个节点之间寻找具有最大传输速度的路由.

PR算法由Google公司提出,用于对搜索引擎搜索结果中的网页进行排名.其中,图中的节点表征网页,而图中的边表征超链接.

CC算法是在图中寻找子图,且需保证该子图内任意2个节点是联通的.

表1是以上部分算法在Vertex-centric模型上的具体实现[13].对于PR算法,其中resv.deg分别表示边处理的结果和节点的常量属性,αβ分别表示常量系数且α+β=1.

Table 1 Algorithm Implement in Vertex-centric Model

表1 算法在Vertex-centric编程模型上的具体实现

算法Process_edgeReduceApplyBFSu.prop+1min(v.tProp,res)min(v.prop,v.tProp)SSSPu.prop+e.weightmin(v.tProp,res)min(v.prop,v.tProp)CCu.propmin(v.tProp,res)min(v.prop,v.tProp)SSWPmin(u.prop,e.weight)max(v.tProp,res)max(v.prop,v.tProp)PRu.propv.tProp+res(α+β·v.tProp)∕v.deg

注:边e=(u,v)中,u代表源节点,v代表目的节点; resv.deg分别代表edgeProResultv.cProp;v.propv.tProp分别代表节点的属性和临时属性;αβ是常量.

新兴的图计算应用主要是各种图神经网络模型(graph neural network, GNN).由于图数据的爆发和深度学习的广泛应用,各种图神经网络模型被提出用于分析图数据.例如用于节点和图分类的GCN[14],GraphSage[15],GINConv[16]等模型.图数据中固有的不规则链接给传统的深度学习算法(如卷积神经网络CNN等)带来了巨大的挑战,掀起了图神经网络的研究热潮.图神经网络的输入数据来自非欧几里德(non-Euclidean)领域并通常用能够表示对象间复杂联系的图来表示.因此,图神经网络能够应对许多关键且从前无法高效处理的问题,例如洞察大脑神经元链接[17]和发现新材料[18]等问题.然而,传统的神经网络通常以固定大小且规整的图片或者文本序列等作为输入,无法处理任意大小且节点无序的图数据.

图神经网络首先将图数据转变为低维空间的数据并同时保留图的结构以及原始的节点属性信息;接着通过神经网络进行后续的训练和推断.图神经网络主要包含2个核心阶段Aggregation和Com-bination阶段.在Aggregation阶段中,每一个节点都遍历各自的邻居节点并执行Aggregate函数聚合邻居节点的属性信息.在Combination阶段中,每一个节点的聚合结果都会被Combine函数利用神经网络进行变换,以获得新的属性数据.

图3是图神经网络中的一个典型分支图卷积神经网络的图解.Sample函数用于对1-hop邻居节点进行采样,目的是减少算法模型的计算量.Aggregate函数则是收集邻居节点的信息,产生中间计算结果.Combine函数负责利用神经网络对中间结果进行变换和降维,并获得新的节点属性向量.Pool函数是可选函数,完成与传统卷积神经网络中Pooling函数相同的功能,区别在于Pool函数处理的对象是图.Readout函数执行合并操作,将所有节点的属性向量进行element-wise的累加操作.它的作用是产生单个属性向量作为其他神经网络模型的输入,以用于图的分类.

Fig.3 Illustration of graph convolution neural network (GCN) model[19]
图3 图卷积网络(GCN)模型的图解[19]

如算法3所示,Aggregate函数与GAS模型中的Gather函数的作用是一致的,根据入边收集邻居节点的信息.而Combine函数也和Apply函数的作用是一致的,对节点的属性(属性向量)进行更新.所以新兴的图神经网络算法也能够用Vertex-centric模型来表示.典型的图神经网络模型为:

GCN[14]是最为成功的图神经网络模型之一,它在基于频谱的图卷积和基于空间的图卷积之间架起了桥梁,让基于频谱的图卷积理论应用于基于空间的图卷积研究中.

GraphSage[15]进一步采用均匀近邻采样方法减少接收域的扩展(receptive field expansion),提供了权衡预测精度和执行时间的方案.

GINConv[16]是一种极为简单的图神经网络结构,其判别能力等同于Weisfeler-Lehman图同构检验(Weisfeiler-Lehman graph isomorphism test).GINConv学习的顶点特征可以直接用于节点分类和链路预测等任务.

DiffPool[20]提供了一个通用的模型来实现图的Pool函数.它可以插入到任意图神经网络中,目的是将原始图转换为更小的图.实际上,DiffPool是使用2个额外的图卷积神经网络来实现图的Pool函数.

算法3. GNNs编程模型.

① 初始化SampleNum;

② 初始化SampleIndexArray;

③ for 每个节点vV do

agg_resinit();

sample_idxsSampleIndexArray[v.nid];

⑥ for 每个sample_idx in sample_idxs do

e(u,v)←EdgeArray[sample_idx];

agg_resAggregate(agg_res,

u.feature);

⑨ end for

v.featureCombine(agg_res,weights,

biases);

end for

传统图计算应用和图神经网络应用的相同点在于它们的每一次迭代或者层的执行都包含了遍历邻居和更新节点属性2个阶段:1)无论是传统图计算应用还是新兴的图神经网络都通过遍历边收集1-hop或者多hop邻居的信息作为中间结果;2)中间结果会被用于更新节点属性.

传统图计算应用和图神经网络的区别有3点:

1) 如表2所示,在传统的图计算应用中,节点属性一般只有单个元素,且在计算过程中只有值在变而元素数量不变.然而如表3所示,在图神经网络中,节点属性一般是一个向量或者是更高维的张量数据,元素数量在数千个以上.除此之外,不同图数据集的维度和元素个数不尽相同,并且在执行的过程中,由于神经网络的变换,不仅节点的属性值在变,元素个数和维度也在变化.

2) 传统图计算收集的邻居信息是单个元素,并对每个元素进行归约操作.而图神经网络收集的则是向量或者更高维的数据,对每个元素进行element-wise的归约操作.

3) 传统的图计算应用的更新操作较为简单,一般是累加或者比较等操作,所以计算访存比低.然而,在图神经网络中,每个节点的属性更新操作是一个神经网络,并且所有的节点共享同一个神经网络,具有非常高的计算访存比.

Table 2 The Popular Datasets for TraditionalGraph Processing

表2 传统图计算应用的典型数据集

数据集节点个数特征长度边数Flickr0.82×10619.84×106Pokec1.63×106130.62×106LiveJournal4.84×106168.99×106Hollywood1.14×1061113.90×106Indochina-047.41×1061194.11×106Orkut3.07×1061234.37×106

Table 3 The Popular Datasets for Graph Neural Network
表3 图神经网络的典型数据集

数据集节点个数特征长度边数IMDB-BIN264713628624Cora2708143310556Citeseer332737039104COLLAB120874921446010Pubmed1971750088648Reddit232965602114615892

2 图计算应用加速的挑战

在本节中,我们主要从计算、访存和多节点通信3个方面介绍图计算应用加速面临的挑战.

2.1 对计算的挑战

在计算方面,传统图计算加速主要面临的挑战是不规则负载和密集的读改写更新操作,而图神经网络加速主要面临的挑战是如何高效挖掘大量的并行性和大量的可共享数据.

不规则负载源于图的无结构特性和scale-free特性[12].每个激活节点连接的邻居节点数目不固定且分布非常不均匀,小部分的节点具有非常多的邻居节点需要处理,而大部分的节点则只具有少量的邻居节点需要处理.工作量少的节点需要等待工作量大的节点,巨大的工作量差异导致计算部件的利用率大大下降.例如,文献[6]指出了在GPU上执行传统图计算应用时,GPU的利用率仅有25.3%~39.4%.

密集的读改写更新操作源于大量的处理单元同时更新同一个节点的属性数据.1个目的节点可能被上千个甚至上万个激活节点连接,该目的节点的属性数据可能会被多个执行单元或者线程同时更新.为了维护处理结果的正确性,必须保证更新操作的原子性.因此需要将并行的更新操作顺序执行,导致计算流水线产生了大量的空泡.文献[21]指出原子操作导致了96%以上的性能下降.

大量待挖掘的细粒度并行性存在于图神经网络应用中,如何对此进行高效挖掘是一项极具挑战性的任务.细粒度的并行性源于同一节点的Aggregate函数和Combine函数可以流水执行,并且不同节点的处理可以同时执行.通常来说,在Aggregation阶段,所有的节点可以同时根据边表数据执行Aggregate函数,收集邻居节点的属性向量,并且Aggregate函数对每个属性向量的元素单独操作,所以不仅具有edge-level parallelism还具有intra-vertex(element-wise)parallelism.在Combination阶段,所有的节点可以同时进行基于神经网络的变换操作,不仅具有inter-vertex parallelism还具有matrix-vector multi-plication parallelism.除此之外,每个节点的Aggregate函数和Combine函数可以进行流水执行,也就是Aggregation阶段和Combination阶段可以实现融合执行(inter-phase fusion[19]).

传统的CPU是latency-oriented架构,倾向于利用复杂的逻辑结构减少计算任务的运行时间.CPU的并发线程数和处理核数有限,对并行性的挖掘能力有限,因此无法挖掘如此富裕的并行性.GPU是throughput-oriented架构,倾向于提高整体的吞吐量,同时并发上万条线程.GPU架构通常对粗粒度并行性的挖掘支持甚好.例如NVIDIA基于它们的硬件架构提出了cuBLAS库,用于挖掘矩阵乘等粗粒度操作的并行性.因此,利用这些硬件优化的矩阵乘操作能够有效地执行Combination阶段.但是,Combination阶段和Aggregation阶段需要单独执行,无法实现2阶段的融合执行,即2阶段无法流水执行,也造成了大量对中间结果数据的冗余访问.如果要在GPU实现2阶段的融合执行,则需要细粒度的同步机制.然而,在无法高效支持细粒度同步的GPU上,挖掘细粒度并行性的同步开销和通信开销极大.此外,在Aggregation阶段中,由于每个节点的邻居数目不均匀,因此每个节点的计算图通常是不一样的[19],导致了动态且不规则的计算.然而,专注于挖掘规则计算的GPU,并不能高效支持这种动态且不规则的并行计算.

大量可共享的数据存在于图神经网络的Com-bination阶段中,如何利用该机会提高执行效率也是一项极具挑战性的任务.由于所有节点都基于同一个神经网络完成节点属性向量的变换,因此神经网络的权重参数被共享于每一个节点的Combine函数中.如果这些可共享数据能够被高效的数据流支持,在计算单元之间被高效地复用,从而减少对片上存储的频繁且冗余的访问,则能大大提高计算效率.

然而,由于权重矩阵会被所有节点共享,因此需要将权重数据共享于多个处理核或者线程中,导致了大量的数据拷贝操作,造成了极大的通信开销.例如在Intel Xeon CPU上造成了36%的额外执行时间[19].即使是在同一个处理核内,处理核内的计算单元之间也无法像Google TPU[22]那样以weight-stationary方式复用权重数据.

2.2 对访存的挑战

访存的挑战,主要在于传统图计算应用的间接且不规则的细粒度访存和图神经网络的间接且不规则的粗粒度访存.

间接且不规则的细粒度访存来源于图的无结构特性和细粒度的数据更新.传统图计算应用中,由于每个节点的邻居节点和数目均不规则,邻居节点属性数据存储的位置不规则,以及传统的图计算应用更新的数据一般仅在4~8 B,因此在遍历邻居节点的过程中产生了大量的间接且不规则的细粒度访存,导致传统内存子系统变得非常低效.传统的数据预取器因为缺少访存的可预测性,难以实现高效预取.传统Cache替换策略无法挖掘数据的时间局部性,1个32 B或以上的Cacheline平均只有6 B左右的数据被使用后就会被替换出Cache,导致Cacheline的利用效率非常低[23-24].另外,片外访存的效率也极低,原因在于DRAM数据请求的粒度也为32 B或以上且DRAM的Row Buffer大小在4 KB以上[23-24].

间接且不规则的粗粒度访存来源于图的无结构特性和粗粒度的数据更新,但与传统图计算应用的不规则访存具有不一样的特征.在图神经网络中,节点的属性是1个具有上百个元素的特征向量,大小达到上千个字节以上,需要多个Cacheline才能缓存下,具有一定的空间局部性,所以Cacheline的利用率非常高[25].然而也正由于特征向量过大,在同等容量的Cache中,只能缓存少量的节点属性向量,导致数据复用距离(reuse distance)严重增加.因此,在邻居节点信息收集的过程中,特征向量被频繁地替换,Cache的缺失率非常高.虽然片外访存的粒度较大,能够有效地挖掘DRAM Row Buffer的数据局部性,但是同样因为频繁的替换导致了大量的片外访存,需要更多的带宽[25].

2.3 对多节点通信的挑战

多节点通信方面,主要挑战来自传统图计算应用的不规则细粒度通信和来自图神经网络的不规则粗粒度通信.

不规则的通信源于节点属性数据分布在不同的子系统中,不规则的遍历导致了不规则的通信.无论在传统图计算应用中还是在图神经网络中,由于单节点系统无法存储甚至是无法处理大规模的图数据,所以需要多个乃至上百个节点子系统一起完成存储和处理任务.因为节点之间的链接是不均匀的,所以不存在一种算法能够把图数据很好地划分到不同的子系统中并实现无通信执行.在执行过程中,被遍历的节点是无法被提前预测的.它们的节点属性被分布在未知的子系统中,只有在获取边数据那刻才知道数据被存放到哪个子系统中.这种随机性导致了大量的不规则通信,严重影响了多节点系统的性能和执行效率[7,26-27].除此之外,传统图计算的数据更新粒度较细,而现有的通信系统都是为传输粗粒度数据而设计的,导致了现有的通信系统通信效率非常低[28].

3 基于通用架构的图计算框架简介

为了让读者更容易理解图计算加速架构的设计,我们先对基于传统通用架构的图计算框架进行简单的介绍.图计算应用具有与常见应用不一样的执行行为模式,对强调通用性的通用架构十分不友好,所以图计算系统需要为图计算应用做各种特定的软件优化.这些软件优化主要是图数据划分方案和预处理等优化技术.

基于CPU通用架构研发面向传统图计算应用的框架,主要是利用CPU中大容量的Cache和大容量的内存(DRAM)等优势,以处理更大规模的图并减少对存储(storage)的访问.主要的代表性工作有Pregel[8],PowerGraph[7],GraphMat[29],GraphChi[30]等.Pregel框架提出了Vertex-centric的编程模型和相应的软件框架,以挖掘细粒度的并行性和提高编程效率.PowerGraph框架提出了基于节点度数感知的图数据划分方法以解决幂律(power-law)图对计算、存储和通信的压力,PowerGraph还提出了GAS模型和Delta-Caching机制以高效支持更多图计算算法;GraphMat框架提供前端利用在线预处理技术将图计算的处理转变为基于代数运算的操作,以挖掘CPU对代数运算的硬件优化;GraphChi利用离线预处理将图数据分成Interval和Shard,然后在运行时利用Parallel Sliding Windows在线预处理技术复用图数据,以提高内存容量和存储带宽的利用率,从而以单节点实现比分布式系统更高的性能.

基于GPU通用架构研发面向传统图计算的框架,主要是为了利用GPU的高带宽片外存储挖掘图计算应用的内存级别的并行性,以及利用GPU的万线程挖掘图计算的计算并行性和掩盖访存延迟.代表性工作主要有Tigr[6],Gunrock[11],CuSha[31]等.Tigr致力于利用离线预处理技术将结构不规则的图转变为结构规则的图,以均衡线程之间的负载.Gunrock提出了Data-centric编程模型,并给出基于Advance,Filter,Compute这3种函数的抽象.通过该抽象可以让Gunrock实施各种在线预处理优化方案以均衡负载和去掉冗余计算等.Cusha则提出G-Shards和Concatenated Windows这2种新的图数据表示方式,并利用预处理构造上述2种数据结构.G-Shards和Concatenated Windows这2种结构有助于GPU实现合并的访存操作,以减少访存歧义.

基于传统架构设计的图神经网络框架大部分都是基于GPU设计的,目的是利用GPU中富裕的计算资源满足图神经网络对计算资源的需求.主要的代表性工作有NeuGraph[32],PyTorch Geometry[33],DGL(deep graph library)[34]等.NeuGraph是第1个既高效又具有高拓展性的图神经网络框架.NeuGraph弥合传统图计算系统与传统神经网络系统的鸿沟,实现了高效的图神经网络框架.NeuGraph通过细粒度图分块方案将图数据分成若干个子图,并在子图的处理之间构建数据流,以高效支持多GPU训练和挖掘并行性,从而大大增强了框架的可拓展性.DGL利用消息通信机制将传统的神经网络系统进行重新封装,实现了图神经网络框架.PyTorch Geometry则利用基于GPU硬件优化的Scatter函数执行Aggregation阶段和矩阵乘法执行Combination阶段,并提供通用的消息编程模型以支持更多的新模型.然而DGL和PyTorch Geometry无法高效支持多GPU训练,并不具备较强的拓展性.

以上的图计算系统能够高效挖掘现有通用架构的优势.然而,为了支持图计算特有的不规则执行行为,预处理的开销非常大.例如基于CPU的GraphMat则需要昂贵的转换开销将图操作转换为代数运算.基于GPU的传统图计算框架Tigr的离线预处理时间达到了处理时间的1倍以上.基于GPU的传统图计算框架Gunrock的在线预处理时间则达到了处理时间的2倍以上.基于GPU的图神经网络框架面临由不规则访存导致的昂贵原子操作和片上与片外之间的频繁数据替换[25].此外,由于通用架构的计算流水线、内存子系统、存储子系统和通信子系统着眼于通用性,无法对图计算应用的执行语义做出直接且专一的优化,例如无法控制Cache实现感知节点度数(degree-aware)的替换策略等.而且许多为了支持通用性的硬件设计,例如CPU的乱序执行,导致面积和能耗开销极大,无法满足数据中心对面积和能耗的需求.因此为了达到高性能和高能效,面向图计算加速的专用架构应运而生.

4 图计算加速架构设计理念与分类方法

本节首先介绍图计算加速架构的设计理念,接着介绍本文的分类方法.

4.1 图计算加速架构的设计理念

为了解决第3节所述的挑战,学术界和产业界均开展了大量面向图计算应用的专用架构研究工作.图计算加速架构的出现具有必然性,其主要的3个原因是:1)图计算被广泛应用;2)图数据爆发;3)市场需要性能更高、能耗更低的解决方案.

图计算在众多领域得到广泛应用,并运行于各大数据中心[35-37].随着图数据规模的不断扩增,基于通用性设计理念的传统架构无法满足图计算应用的需求,不能高效解决图计算应用所面临的诸多挑战.因此需要一种能够降低数据中心能耗开销和散热成本,并提高数个量级性能的解决方案,即面向图计算应用的专用加速架构.

图计算加速器的设计理念是根据图计算应用的操作改造硬件数据通路,量身定制计算流水线、内存子系统、存储子系统和通信子系统,从而为图计算应用的操作进行固化的硬件表达.1)对流水线进行定制优化,根据图计算应用的执行行为直接用固定的硬件逻辑处理程序的控制流和数据流.2)通过修改内存子系统或者存储子系统对访存操作进行直接表达.3)逐渐拉近计算单元与数据存储单元之间的距离,从而获得更高的带宽和更小的访存延迟.4)通过定制的多节点系统拓展机制和通信接口实现多节点图计算加速系统.

4.2 分类方法

本文以加速图计算应用遇到的关键挑战为导向,以关键问题的解决方案为核心对现有工作进行系统归纳.具体而言,从计算机金字塔组织结构[4]出发,从上到下,根据每一层遇到的挑战归纳和介绍现有工作.

1) 传统图计算应用加速技术分类.如图4所示,从金字塔的顶端出发,首先在计算单元层次上遇到的挑战是不规则负载和密集的读改写更新操作,导致了传统架构出现了负载不均衡和昂贵的原子开销等问题.现有加速架构的解决方案的核心思路是将负载重新映射到不同的处理单元或者处理逻辑上,以及减少读改写更新操作和原子操作开销.

Fig.4 Computer organization pyramid and the challenge
imposed by traditional graph processing
图4 计算机金字塔组织结构与传统图计算面临的挑战

在片上存储层次上遇到的挑战是间接且不规则的细粒度访存,导致了传统处理器产生Cache命中率低和Cacheline利用率低的问题.现有解决方案的核心思路是通过大容量片上存储保存更多被细粒度访问的数据并提供细粒度的访存支持,或是为Cache定制访存调度单元动态调度访存,以挖掘数据局部性.

在片外存储层次上遇到的挑战同样是间接且不规则的细粒度访存,导致了传统处理器产生了片外带宽利用率低和利用效率低的问题.现有的主要解决方案是基于访存依赖定制专用预取器,或是基于图计算应用的访存模式修改DRAM的设计.

在近内存层次中,需要应对的挑战是图计算应用的受限于内存带宽(memory bandwidth bound)和受限于内存延迟(memory latency bound).现有解决方案的核心思路是通过将计算单元集成于DRAM中或将ReRAM作为计算单元,从而获取大量的DRAM带宽和缩短数据传输延迟.

在存储(storage)层次上,遇到的挑战同样是间接且不规则的细粒度访存.细粒度的访存导致了只能执行粗粒度访存的Flash存储设备效率极低.现有工作的主要解决方案是将图计算应用的关键操作卸载(offload)到Flash内部或者Flash控制器上执行,并对访存进行合并,以提高访存效率.

在多节点存储层次上,遇到的挑战是不规则的细粒度通信.不规则的细粒度通信导致了多节点系统产生了非常多的无效通信而且大大降低了现有粗粒度通信系统的通信效率.现有解决工作的核心思路是基于数据划分方法将计算局部化或者通过排序合并细粒度通信.

根据上述分类方法,现有应用于传统图计算应用的加速技术可如表4进行归纳分类.

Table 4 Accelerating Technique Classification for Traditional Graph Processing
表4 现有应用于传统图计算应用的加速技术分类

系统层次挑战相关工作单节点系统计算流水线片上存储片外存储近内存存储(storage)不规则负载Graphicionado[24],AsynACC[38],GraphDynS[13],GraphH[39]密集读改写操作Graphicionado[24],GraphDynS[13],AccuGraph[40],AsynACC[38],GraphPIM[41],GraphH[39],FPGP[42],ForeGraph[43]不规则的细粒度访存ForeGraph[43],HATS[44],PHI[45],GRASP[46],Graphicionado[24],GraphH[39],GraphDynS[13],Yan et al.[47]不规则的细粒度访存DROPLET[48],Tesseract[49],GraphDynS[13],GraphiDe[50],HyVE[51]不规则的细粒度访存Tesseract[49],GraphP[26],GraphQ[27],GraphH[39],GraphR[52],GraphSAR[53],GRAM[54],RaGRa[55],RPBFS[56],GraphPIM[41],PEI[57]不规则的细粒度访存ExtraV[58],GraFBoost[59],GraphSSD[60],FlashGraph[61],Elyasi et al.[62]多节点系统通信接口不规则的细粒度通信Tesseract[49],GraphP[26],GraphQ[27],GraphH[39]

2) 图神经网络加速技术分类.如图5所示,从金字塔的顶端出发,首先在计算层次遇到的挑战是如何高效挖掘大量并行性.受限于计算资源或是线程同步开销,传统架构无法提供轻便且高效的并行执行方式.现有解决方案的核心思路是利用脉动阵列(systolic array)减少权重数据的共享开销.

Fig.5 Computer organization pyramid and the challenge
imposed by graph neural network
图5 计算机金字塔组织结构与图神经网络面临的挑战

在片上存储层次遇到的挑战是不规则的粗粒度访存,导致了片上存储命中率低.目前主要的解决思路是利用大量片上存储和批量处理技术挖掘粗粒度访存数据的空间局部性和时间局部性,减少频繁的数据替换.

在片外访存的层次,遇到的挑战仍然是不规则的粗粒度访存,导致了片外预取效率低和带宽利用效率低等问题.现有解决方案的核心思路是基于特定的图数据划分方法提高预取效率,通过消除稀疏等技术提高带宽的利用效率.

5 传统图计算应用的加速方案

本节基于计算机金字塔组织结构,从上到下,根据每一层遇到的挑战归纳和介绍现有工作.

5.1 计算流水线优化

计算流水线的主流优化方向是均衡负载和降低读改写更新开销.

1) 负载均衡.负载均衡方案可以分为直接映射方式和感知节点度数映射方式2类.

① 直接映射方式.这种方式直接根据节点的编号进行简单的Hash映射,然后根据Hash映射的结果将负载分配到对应的处理逻辑上.这类方案简单且易实现,开销也非常小.例如,Graphicionado直接利用节点的编号对流水线的总数进行取余操作,根据余数将节点的处理任务映射到相应的流水线.虽然每条流水线的平均负载在整体上是大致相等的,但是在局部时间内是不均衡的.原因在于被遍历节点的编号非常不规则,无法保证在局部时间内每条流水线都能被分配到工作.除此之外,Scatter阶段的更新执行方式导致Graphicionado流水线的前端和后端之间也出现了负载不均衡.原因在于在Scatter阶段,从每个源节点出发遍历出边,被访问更新的目的节点数目通常为十几个以上,甚至高达上万个.因此,后端处理的目的节点数目是前端处理的源节点数目的十几倍以上.

直接映射的方法直接绑定了节点和流水线的对应关系.虽然这种一对一的固定负载分配方式实现简单,但是不能全面解决负载不均衡问题,无法动态适应在迭代过程中不断变化的负载.

Fig. 6 The degree-aware workload balance design of GraphDynS[13]
图6 GraphDynS[13]的感知节点度数的负载均衡设计

② 感知节点度数映射.为实现动态负载的调度,大部分的设计都从导致负载不规则的起因出发,即不均匀的节点度数分布.如图6所示,GraphDynS通过定制负载派遣单元(dispatching element, DE)来根据节点的出度进行动态任务派遣,消除了处理逻辑和负载的固定绑定关系.并同时根据源节点和目的节点数量的比值,对流水线的后端处理单元(processing element, PE)进行SIMT的拓展.每个SIMT槽完成1个目的节点的更新操作,以此平衡同一流水线前端和后端的负载.

2) 降低读改写更新开销.主要的研究方向有消除读改写冲突、防止读改写冲突和无阻塞原子操作.由于遍历的不规则,节点的更新无法预测.为防止出现读改写冲突,数据的更新需通过原子操作进行保护.原子操作的核心是顺序执行冲突的操作,因此会导致并行性缺失.

Fig. 7 Zero-stall atomic execution pipeline [13]
图7 零延迟原子执行流水线[13]

① 消除冲突主要是通过在线或者离线预处理对访问目的节点属性数据的更新操作进行排序和分块以消除冲突.GraphH,FPGP,ForeGraph将节点重新划分成多个不相交的块.因为每个块之间是不相交的,所以块之间可以无冲突并行执行,但是块内仍然需要顺序执行.这类方法会导致非常昂贵的预处理开销,开销甚至比实际的执行时间、数据访问量和计算量更多.原因在于,该类方法需要反复访问整个图数据以及高开销的排序操作.

② 防止冲突主要是通过监测流水线的执行,防止对相同节点的更新操作同时进行.Graphicionado和AsynACC利用CAM(content addressable memory)定制查询电路,通过流水级之间的消息确认和阻塞机制,防止多个处理单元同时更新相同的节点.该类方法能够保证节点数据更新的正确性,但是限制了并行性的挖掘,且需要高功耗的CAM以及用于缓存节点更新数据的待发射队列.

③ 降低原子开销主要通过定制的原子操作部件完成原子操作,同时降低流水线的阻塞时间.Graph-DynS通过定制原子执行流水线来减少控制开销并实现无阻塞的原子更新.如图7所示,GraphDynS通过比较流水级中操作数和对应操作数的地址,根据流水级中地址的比较结果选择最新的操作数送入到ALU中,从而实现无阻塞的原子更新.AccuGraph则利用图计算算法中属性数据更新的单调性,设计了并行执行的累加器,实现了大量原子操作的并发执行.上述方法虽然能够减少流水线阻塞,并保留程序的执行并行度,但是需要较大的片上缓存保证快速获得操作数,否则流水线仍然会因为等待数据产生大量阻塞.GraphPIM将原子操作卸载(offload)到HMC(hybrid memory cube)DRAM存储上,并利用HMC对原子操作的支持在数据所在地进行in-place的原子操作,从而减少数据传输开销和缩短原子操作路径.然而,这种方法会增加额外的片外内存请求,并且不规则的细粒度内存请求会导致带宽浪费和极低的访存效率.

5.2 片上存储优化

片上访存优化的目的是挖掘节点属性数据的局部性,减少高延迟的片外访存.主要方法有2种:1)大容量片上存储,并辅以相应的图数据分块方法;2)动态探测局部性并调度访存.

1) 大容量片上存储.Graphicionado,GraphH,GraphDynS等工作首先对数据进行分块,然后将数据分批读入到大容量的eDRAM进行处理.访问eDRAM的延迟比访问片外DRAM少2个量级以上,并且eDRAM支持细粒度的内存访问,因此不规则访存的数据能够被快速且高效地获取.这类方法需要批量切换数据分块,切换过程需要较长的数据等待时间.虽然可以使用ping-pong buffer机制来掩盖数据分块切换的延迟,但是片上存储的开销会变得非常大,例如Graphicionado的64 MB eDRAM占用的片上存储面积就高达44 mm2(32 nm工艺)[47,63],导致的能耗开销就达到了整个加速设计的90%.

2) 动态调度访存.该类方法主要面向传统架构的Cache,核心是调度访存的顺序或定制Cacheline替换策略.

Fig. 8 HATS engine in each core
图8 每个处理器核中的HATS引擎

如图8和图9所示,HATS利用图的强集合结构特性设计了基于深度优先算法的访存调度引擎来挖掘节点数据的时间局部性.PHI为传统架构的Cache增加额外计算部件来缓存和处理图计算中的Scatter函数,从而减少无数据局部性的数据在处理核心与Cache之间的双向流动,大大节省了Cache到处理核心的带宽.GRASP首先利用预处理对节点按照度数排序,目的是将高出度节点的数据集中在连续的地址空间,然后通过地址空间识别缓存高出度节点的属性数据的Cacheline,从而阻止高复用的节点属性数据因Cache thrashing被切换出Cache.

Fig. 9 Micro architecture of HATS[44]
图9 HATS[44]的微架构说明图

上述方法需要对现有通用处理器的Cache结构进行修改.从实际应用的角度考虑,不仅难以获得Intel,ARM等公司的授权进行修改,而且由于现有通用处理器结构的复杂性,修改Cache结构并定制辅助指令的工作量不亚于重新定制独立的加速架构,且部分硬件设计还需要昂贵的在线预处理支持.

除上述工作之外,也有工作是对现有加速架构的片上储存进行优化.文献[47]通过对Vertex-centric编程模型进行优化,利用激活节点和偏移的一一对应关系,通过未利用的带宽提前获取偏移数据,为下一次迭代的执行消除了对偏移数据的不规则访存.该方法与Graphicionado相比,片上存储容量减少一半以上,且同时能够获得大致相同的性能.

5.3 片外存储优化

片外存储的优化目标是提升片外带宽的利用率和片外访存的效率.

片外带宽利用率的优化方法主要是根据图数据的访存依赖设计专用的数据预取器[13,48-49].

DROPLET提出了感知图数据结构的预取器.该预取器被集成在DRAM控制器上,用于识别数据结构之间的访存依赖并直接在DRAM控制器上执行具有这类依赖的访存,减少依赖访存导致的处理核心与DRAM之间的回路延迟.该方法能够掩盖的延迟有限,一般仅占20%[64]左右.Tesseract设计了2种预取器:列表预取器和消息触发预取器.列表预取器专用于访存具有空间局部性的边表数据,能够比较好地挖掘边表数据的空间局部性.消息触发预取器根据远程的更新消息直接触发本地节点属性数据的预取,在Tesseract图计算加速系统中用于掩盖远程通信延迟和访存延迟.该方法主要面向HMC集群系统,并不具有非常强的通用性.GraphDynS基于软硬件协同设计理念设计了图数据的精确预取器.GraphDynS对Vertex-centric编程模型进行了优化,在执行过程中动态获取访存的起始地址和数据长度,并设计了对应的精确预取器用于边和节点数据的精确预取,掩盖了访存延迟并减少了冗余访问.该方法需要依赖Vertex-centric编程模型,因此并不适用于基于Edge-centric编程模型的加速架构.

片外访存效率优化的方法主要是设计窄通道(narrow channel)DRAM或者根据访存模式定制DRAM减少访存开销.

根据文献[23]分析,传统图计算应用运行在传统架构上时,每一行Cacheline(64 B)只有4 B左右的数据被使用,为此Emu Chick[65]和Intel PUMA Graph Processor[66]设计窄通道DRAM和对应的DRAM控制器.该设计通过修改DRAM内部chip的数据传输逻辑,提供了细粒度(4 B)的DRAM访存和16倍的访问速率,大大提高了DRAM访存效率.

Fig. 10 The design of ReRAM-based graph processing accelerator (GraphR[52])
图10 基于ReRAM-based图计算加速设计(GraphR[52])

HyVE则利用ReRAM,DRAM,SRAM设计了一个混合的内存结构,目的在于减少访存开销.HyVE根据图数据中不同数据结构访存的特性,将数据置于不同种类的存储中.ReRAM用于存储只读且连续访问的边数据,片上SRAM用于缓存部分细粒度访问的节点数据,DRAM用于存储所有可读可写的节点数据等.该方法不仅能利用ReRAM的非易失性和power-gating技术减少静态功耗,还能去除ReRAM在写操作方面的劣势,即写延迟长以及可写次数有限.

5.4 近内存优化

为了缩短数据与计算单元的距离以获得更高的带宽和更低的延迟,计算部件被集成到内存内部.主要研究现状包含:1)基于HMC集群的图计算加速系统[26-27,41,49];2)基于具有计算能力和存储特性的ReRAM的加速系统[53-56].

基于HMC集群的图计算加速系统的设计核心是在HMC的逻辑层为图计算应用添加特定的计算单元和计算调度硬件.根据HMC 2.1规格说明,单个HMC内部提供的带宽最高可达320 GBps,外部可提供的带宽达到480 GBps[67].HMC逻辑层允许的最大功耗密度为94 mWmm2[68].传统图计算应用是访存密集型应用,具有极低的计算访存比,对带宽需求大,计算部件需求少.因此,在功耗密度范围内,架构师可以在逻辑层添加逻辑电路,利用充足的带宽来满足图计算应用的带宽需求.这类图计算加速系统需要修改HMC的逻辑层,所需的工艺比较难,产品化周期长.

基于ReRAM的图计算加速系统的核心是将配置为计算的ReRAM与配置为存储的ReRAM集成一体,既缩短数据与执行单元的距离也获得充足的带宽和计算能力.如图10所示,ReRAM不仅可以组织为存储图数据的DRAM(ReRAM memory),同时也可以组织为Crossbar进行矩阵乘法计算(graph engine).同时使用这2种组织方式不仅能够获得充足的带宽,也能获得高并行的计算能力.由于图计算应用的输入图都极为稀疏,因此目前主要的研究问题是如何高效地执行稀疏矩阵乘(SPMV),即去除无效计算和访存.GraphR,RaGRa,GraphSAR的核心设计都是对邻接矩阵进行分块,其他工作围绕ReRAM实现图计算加速系统的执行模型开展.GRAM基于ReRAM实现了Vertex-centric的执行模型从而减少数据的移动,RaGRa为3D ReRAM实现了专用的行列混合执行模型,减少冗余的数据移动与计算.

然而ReRAM的可计算性存在局限,仅能完成乘加操作,因此能够支持的算法较少,仍然需要额外的传统电路完成比较等操作.

5.5 近存储优化

图数据的规模日益剧增,导致内存无法容纳如此多的数据.为了高效支持更大规模的图数据处理,在Flash存储端增加加速单元是一种可行的方案.Flash存储提供的带宽非常小,一般在3.6 GBps左右[59],而访存粒度却非常粗,一般为页大小,8192 B左右[59].由于传统图计算的访存粒度小(4 B或者8 B),主要的优化方向是提高Flash的带宽利用效率.

ExtraV利用Flash端的加速装置降低主机访存的开销,但不具备进行图数据更新的能力.ExtraV简化了主机CPU对存储的访问,减少了IO访存延迟和开销,并提出了expand-and-filter的方法对图数据进行解压缩,提取有效数据送给主机CPU,从而提高加速单元与主机CPU之间的带宽效率.GraFBoost则将大部分的计算任务从CPU中卸载到Flash上的加速单元,利用排序、归一加速单元序列化和合并细粒度访存.加速单元首先记录随机的点数据更新请求,然后利用插值归一的方式进行排序,从而合并不规则的细粒度访存,减少IO访存并提高IO访存效率.GraphSSD提出了感知图语义的SSD,目的是从图数据的IO访存出发,将SSD的访存方式更改为更适合图更新(点或边更改)的表达方式.

5.6 多节点优化

除了5.1~5.5节所述的单节点优化之外,还有面向多节点图计算加速系统的优化,主要包含横向扩展方案、降低通信开销和同步开销.

AsynACC利用片上Crossbar Switch进行多节点扩展,但是多端口的片上Switch非常昂贵,限制了该设计的进一步拓展.在40 nm的工艺下,64端口32 b传输宽度的Switch的功耗和面积分别达到了2.75 W和4 mm2[69].Emu Trick系统则利用传统的片上网络(RapidIO[70])实现计算节点之间的互联,有效降低了节点拓展的开销.除此之外,Emu Trick还利用线程迁移技术将负载移动到数据所在的计算节点中,从而减少节点数据广播和同步的开销.Fore-Graph则利用总线(例如PCI-e)将多个FPGA链接在一起,从而获得更多的片上存储BRAM(block RAMs),减少不规则的片外数据访问.

如图11所示,文献[26-27,41,49]利用HMC提供的SerDes Link互联接口构建多节点系统.与HBM(high bandwidth memory)相比较,HMC标准提供cube之间高速互联的能力,带宽达到480 GBps[67],所以大量工作利用HMC组建多节点图计算加速系统.Tesseract提出的消息通信机制为基于HMC的多节点系统提供了图计算应用专属的多节点通信系统.GraphP在Tesseract基础上提出了基于源节点的划分方法,并配合2阶段节点更新编程模型和层次通信方案,显著减少了节点间的通信和同步开销.GraphH提出可重配置的双Mesh网络,动态为cube之间的通信分配带宽,从而最大化通信带宽的利用率.GraphQ对节点数据的处理进行重排序,从而对cube之间的多个通信消息进行打包并进行批量传输,不仅提高了通信带宽利用效率,还有效地掩盖了cube之间的通信延迟.虽然基于HMC集群的方案能够获得非常好的性能和节点传输带宽,但由于封装技术和HMC存储容量(8 GB)的限制,无法实现更大规模的多节点系统,因此整个加速系统一般只有16个左右的cube.

Fig. 11 The design of HMC-based multiple-node
graph processing accelerator (Tesseract[49])
图11 基于HMC多节点图计算加速系统设计
(Tesseract[49])

5.7 不同层次优化技术的关系分析

图计算加速架构一般来说是一个比较完整的系统设计.在最初的工作中,通常在系统的各个层次都会有相应的优化技术.而后续的工作一般是在前人的基础上继续解决未解决的问题或者新问题,也就是说后续的工作都具有各自的优化核心或者重点优化的层次,不过层次之间也存在着协同优化的关系.因此,在本节我们从最初的设计出发,重点描述不同层次之间的协同优化.

在基于ASIC平台的第1款图计算加速架构Graphicionado的设计中,包含了片外存储、片上存储和计算流水线3个层次的优化.Graphicionado利用预取器提高片外带宽的利用率,供给充足的数据给片上存储.片上存储则提供细粒度的访存以消除不规则细粒度访存对性能和能效的影响.在片上存储快速为计算流水线提供数据的基础上,Graphicionado设计了图计算专用的计算流水线以进行流水作业并保证计算的正确性.后续的GraphDynS设计也包含了片外存储、片上存储和计算流水线3个层次的优化.精确预取提高了片外带宽的利用效率且大容量片上存储解决了不规则细粒度片外访存,因此才能保证源源不断地给计算流水线供给数据.究其根本,吞吐量得到有效提升后,计算流水线层次的问题才会凸显出来.因此,GraphDynS继而设计了无阻塞原子操作微架构流水线保证计算流水线的无阻塞执行,以及提出了感知节点度数的负载映射方式平衡流水线内或者流水线间的负载.在后续的其他工作中,HyVE主要是在片上存储和片外存储层次上利用各种存储介质构建混合且层次化的存储子系统,以提高存储子系统的能效.AccuGraph主要是在计算流水线层次对原子操作进行优化.文献[47]主要是在片上存储层次对片上存储的利用效率进行优化.

在最初的多节点Tesseract设计中,它的优化技术主要集中于多节点存储层次、近内存层次和片外存储层次.Tesseract基于多节点Memory-centric的架构实现了节点间的通信机制,并在HMC的逻辑层添加计算逻辑和定制的数据预取部件以挖掘富裕的带宽以及掩盖访存和通信延迟.在多节点系统实现之后,不规则通信的问题被凸显出来,所以GraphP在Tesseract的多节点存储系统上提出了source-cut的数据分块方案、双阶段编程模型和层次通信机制用于优化多节点存储层次遇到的不规则通信.GraphQ则在GraphP基础上对计算流水线内的节点数据处理进行重排序,从而对子节点之间的多个通信消息进行打包并进行批量传输,以进一步解决不规则通信.

综上所述,不同层次需要解决的问题不一样,各个层次的优化相辅相成.不同层次的优化手段通常都能够被有机地组合起来,成为完整图计算加速系统设计的一部分,以获得更高的整体性能和整体能效.

5.8 不同平台典型设计对比

本节从不同的平台出发,基于典型的设计对不同平台的传统图计算加速架构进行对比,分析不同平台的优缺点.传统图计算主流的加速平台包含FPGA,ASIC,NDP(near DRAM processing),NSP(near storage processing),PIM(processing in memory).

基于FPGA平台的设计具有可配置性强、部署快的优点.FPGA平台为硬件编程人员提供了直接为图计算应用定制加速架构的硬件编程接口,但对编程人员的素质要求也非常高.基于FPGA平台设计的图计算加速架构主要是为加速图计算应用提供具有一定通用性的框架,减少重复劳动和编程负担.例如,FPGP[42]工作基于Interval-shard的图数据分块方法在FPGA上实现了streamlined Vertex-centric编程模型,构建了大规模图计算硬件加速框架.FPGP具有一定的灵活性,能支持主流的传统图计算算法,并大大减轻了用户的编程负担.但是文献[43]指出FPGP可能无法达到具有大容量片上存储的通用处理器执行传统图计算应用的性能.本质原因是片上存储资源少,需要精细设计片上数据替换策略以更高效地使用片上存储资源.

基于ASIC平台的设计能够获得比FPGA更高的性能,因为基于ASIC的图计算加速架构能够运行在更高的频率下,并为加速设计添加更多的计算资源和片上存储资源.ASIC设计主要是利用大容量的片上储存缓存被不规则访问的数据,同时细化访存的数据通路.例如,Graphicionado[24]基于Vertex-centric的编程模型定制了图计算专用执行流水线以支持大部分的主流算法.除此之外,Graphicionado用64 MB的eDRAM储存被不规则细粒度访问的节点属性数据.假如每个节点属性是4 B,该片上存储一共可以存储16×106个节点属性,但是片上存储是非常耗费面积和功耗的.同时随着图规模的增大,分块数目不断增多,图数据分布更加稀疏,导致性能下降会非常严重.例如,在Graphicionado的工作中,当分块数目从1变成8时,性能下降50%.根据统计报告[71]所述,Facebook的用户(社交网络的节点)高达20亿,并且每年以17%的速度增长,那么利用大容量片上存储和数据划分的ASIC解决方案会面临急剧的性能下降.

基于NDP的平台设计能取得更高的带宽和更小的延迟,因为计算单元和储存单元的距离更近.例如,Tesseract[49]基于HMC集群构建了图计算加速架构.Tesseract在HMC的逻辑层添加了ARM core用于处理传统图计算中简单的计算,以拉近与DRAM的距离.并通过HMC默认提供的SerDes通信接口链接多个cube,以实现多节点的图计算加速系统.虽然Tesseract图计算加速架构能够获得很高的带宽,但是由于传统图计算的访问粒度比较细,导致了带宽的利用效率非常低.由于cube之间的负载不均衡导致了整个系统的同步开销非常大.除此之外,3D-stack的工艺仍然不成熟,而且由于HBM的广泛应用,美光公司基本已经放弃HMC[72],无法继续提供持久的技术或者工艺支持.

基于NSP平台的设计主要是为了解决规模日益增长的图数据对存储的需求以及降低对数据通路的压力.巨大规模的图数据导致了数据无法完全被保存到DRAM上,需要频繁地访问storage.由于storage的访存带宽非常小且访存延迟非常大,频繁的数据替换成为了大规模图计算的瓶颈.为了应对这个瓶颈,GraFBoost[59]为SSD(solid state drive)增加额外的访存处理单元用于合并细粒度的访存,提高了带宽的利用率,并减少在storage和片上计算资源之间的数据传输回路.

基于PIM平台的设计主要是利用ReRAM既可以作为存储又可以作为计算单元的特性,进一步缩短了数据与存储介质(device)之间的距离.现有的ReRAM只支持加法和乘法操作,无法支持SSSP这类基于比较操作的算法,能够高效支持的应用有限.除此之外,现有的ReRAM工艺最多只能保障16 b的整形乘法计算,无法为高精度计算的图计算应用提供保障.例如,GraphR[52]利用ReRAM Crossbar执行矩阵乘法,工作核心实际上是在ReRAM Crossbar上高效执行稀疏矩阵乘.为了利用ReRAM的计算特性,GraphR牺牲了部分通用性,能被GraphR高效支持的图计算种类较少.

不同平台间的比较如表5所示,基于FPGA平台的设计具有配置灵活和部署快的优点,但是受限于有限的硬件资源,无法提供高性能的解决方案.基于ASIC平台的设计性能高,但因为依赖大容量片上存储和分块方法,伸缩性差.基于NDP平台的设计具有一定的伸缩性,性能能够随着DRAM存储容量的增大而提升,然而,NDP平台的设计所需要的工艺仍然不成熟.基于NSP平台的设计能够处理规模更大的图数据,但带宽低且带宽利用效率也低.基于PIM平台的设计能取得非常好的性能和能效,但局限于ReRAM的特性,通用性较差.

Table 5 Comparison of Different Platforms
表5 不同平台优缺点对比

平台设计原则优点缺点FPGA平台通用性图计算框架可配置性强、部署快片上硬件资源少、频率低ASIC平台为不规则的细粒度访存定制存储子系统性能高可扩展性低NDP平台使计算单元靠近DRAM带宽高、DRAM访存延迟低工艺不成熟NSP平台合并访存,减少数据传输回路可扩展性高带宽利用效率低PIM平台存内计算性能高、能效高通用性低

6 图神经网络加速架构案例与讨论

图神经网络是新兴的图计算应用,具有与传统图计算应用不同的执行特征,解决方案也有所不同,且现有研究工作较少,因此进行单独介绍.本节将以现有的第1款图神经网络加速器HyGCN[19]作为案例,从计算、片上存储、片外访存这3个方面讨论图神经网络加速架构.

6.1 计算流水线优化

每个节点的Aggregate函数的计算图是不规则的[73],而Combine函数是规则的.由于每个节点的邻居节点数目不一样,所以执行不同节点的Aggregate函数会有不同的计算图.而由于每个节点在执行Combine函数时共享同一个神经网络并且每层的每一个神经元具有相同的连接,因此所有节点的计算图都是相同的.

为了高效支持不规则计算图和利用规则计算图提高执行效率,如图12所示,HyGCN分别设计了2个引擎:Aggregation引擎和Combination引擎.

Aggregation引擎由若干个SIMD(single instruction multiple data)core和边调度器组成.边调度器根据边表中的邻居节点将每一个邻居节点向量的element-wise归约操作分配到不同SIMD core的不同lane上,以挖掘edge-level parallelism和intra-vertex parallelism,并将不规则的计算平均分配到不同lane上,实现负载均衡.

Fig. 12 A graph convolutional neural network accelerator with hybrid architecture (HyGCN[19])
图12 基于混合架构的图神经网络加速架构(HyGCN[19])

Combination引擎主要由多个小的脉动阵列和点调度器组成.该设计用于挖掘inter-vertex parall-elism和matrix-vector multiplication parallelism,以及复用权重数据.点调度器将若干个节点组合成一个小节点集合,然后将该集合送入其中一个小脉动阵列中.小脉动阵列的每一行负责集合中一个节点的向量变换,小脉动阵列的所有节点共享权重.该执行方式被称为独立执行模式,既能利用规则计算图提高数据复用率和并行性,同时也能减少每个节点的平均执行延迟.点调度器还能将更多的节点组合成一个大节点集合,一起送入所有的小脉动阵列中,实现所有小脉动阵列中的所有节点共享权重.该方式被称为联合执行模式,能够利用规则的计算图挖掘更多的数据复用,从而降低功耗.但相对于独立执行模式,联合执行模式需要集合更多的节点一起执行,所以节点的平均执行延迟有所增加.

6.2 片上访存优化

为了挖掘各种数据的局部性,HyGCN为具有不同访存模式的数据设计了不同的缓存.每个节点的边表大小不固定,所以对于边数据的访存,HyGCN基于eDRAM提供了一种支持细粒度访存(32 B)的边缓存.每个节点的输入特征向量一般都在128个元素以上,HyGCN基于eDRAM和多个bank进行设计,提供了一种支持粗粒度访存(512 B)和高吞吐量的输入缓存.权重矩阵的数据是按时钟顺序被访问的,且每列的权重元素一般多于128个.但是脉动阵列无法在1个cycle消耗如此多的数据,所以将权重缓存的访存粒度设置为与脉动阵列的FIFO相同的大小.由于每个节点的输出向量由脉动阵列产生,访存粒度细,因此HyGCN基于eDRAM和多个bank进行设计,提供了一种支持细粒度访存(4 B)和高吞吐量的输出缓存.在此基础上,HyGCN为上述每个缓存增加1倍的存储空间,实现双缓冲机制,以掩盖访存延迟.除此之外,HyGCN还在Aggregation引擎和Combination引擎之间增加了ping-pong buffer,一方面用于缓存Aggregation引擎的中间结果,另一方面用于流水Aggregation引擎和Combination引擎的执行.

6.3 片外访存优化

片外访存优化主要包含了节点向量数据分块机制、基于窗口滑动收缩动态消除稀疏优化和基于优先级的动态访存调度.

为了提高片外带宽的利用率,HyGCN将节点平均分成若干个区间,然后根据区间将邻接矩阵分成若干块.在进行计算时,每个块内所有源节点的特征向量被读入到输入缓存中.由于访存非常连续且规则,所以带宽的利用率非常高.然而稀疏特性导致大量的读入特征向量数据均非所需,所以HyGCN提出了基于窗口滑动收缩的方法来消除稀疏.该方法根据ping-pong buffer的大小和节点区间大小分别设定窗口的高和宽.窗口从邻接矩阵的上方出发滑落,直到窗口的第1行遇到不为0(源节点和目的节点之间存在连接)的值.接着窗口从下往上进行收缩,直到窗口的最后1行遇到不为0的值.这样就能够消除大量由稀疏导致的无效访存.该方法对图神经网络有效的原因在于,图神经网络中的特征向量的元素数目是传统图计算节点属性个数的上百倍以上.因此,即使窗口滑动收缩方法在传统图计算上开销大,但是在图神经网络中的收益是十分可观的.

为了协调2个引擎之间的片外访存,HyGCN设计基于优先级的动态内存调度.Aggregation引擎从片外主要读取的数据为边数据和输入特征向量;Combination引擎从片外主要读取的数据为权重,写入片外的数据为输出向量.这些数据的片外访存请求会同时进行,访存地址的不连续,导致DRAM的row buffer命中率低,访存延迟增加50%以上[74].为了提高row buffer的命中率,HyGCN首先对这些访存请求进行处理,合并具有连续地址的访存请求.然后按照处理节点计算的数据请求顺序,执行片外的数据请求.最后,HyGCN利用低地址段寻址bank和channel,从而挖掘DRAM的bank和channel级别访存并行性.

除了HyGCN外,GraphACT[75]也是该领域已发表的工作.该设计基于CPU-FPGA的异构实现了图神经网络的加速.GraphACT[75]在CPU上基于轻量的预处理优化Aggregation函数的执行.然后利用由CPU和FPGA组成的异构系统加速和流水Aggregate函数和Combine函数的执行.其中在CPU上的优化主要是识别节点间的共享邻居节点集合,辅助FPGA去除共享邻居节点的冗余归约操作,复用中间计算结果和减少BRAM的访存.

7 不同架构设计的应用场景比较

不同的图计算加速架构的应用场景因优化技术的特点而有所不同,因此我们以具体的架构设计从支持的算法、支持的图规模和需要的图特性3个方面比较它们的应用场景.

基于FPGA平台的传统图计算加速架构通常会提供模板化的FPGA硬件模块,具有非常强的灵活性,适合需要快速部署的应用场景.例如FPGA开发者可以基于ForeGraph提供的模板库进行模块组装和添加新的硬件逻辑完成新算法在FPGA上的重配置,以实现新算法硬件加速架构的快速部署.然而,也由于有限的片上存储资源和片外带宽,ForeGraph支持的图规模无法与基于ASIC平台设计的加速架构相比.ForeGraph架构中的所有优化技术不需要图数据具有特定的特点,例如图数据的强集合结构特性.

基于ASIC平台的传统图计算加速架构通常利用大容量的片上存储系统定制内存子系统,从而优化不规则的细粒度片外访存.例如Graphicionado的核心设计就是利用大容量片上存储被不规则访问的数据,能够高效加速BFS,SSSP,PR和协同滤波等算法,因此该架构可以高效支持导航、网页搜索和推荐系统等应用.限制于片上存储的容量和单节点系统的设计,Graphicionado支持的图规模无法与基于NDP平台设计的加速架构相比.Graphicionado的所有优化技术并不需要图数据具有特定的属性.为传统CPU设计的图计算加速单元HATS则基于传统Cache结构对访存进行调度,挖掘图数据局部性.由于被集成到传统通用架构上,HATS能够支持非常多的算法,但图的规模仍然受限于内存容量,并且需要图数据具有强集合结构特性.

基于NDP平台的传统图计算框架能够实现与内存存储容量成正比的性能提升.例如,支持PR和SSSP等算法的Tesseract.然而,受限于每平方毫米散热的限制,Tesseract难以支持计算密集型的算法.Tesseract支持的图规模受限于多节点系统内的cube数目和每个cube的容量.由于封装在同一Package上的HMC cube的数目是有限的,并且每个cube的存储容量也无法达到传统内存DDR4的规模,因此支持的图规模无法与传统分布式系统相提并论.Tesseract,GraphP,GraphR,GraphH等工作都不需要图数据具有特定的属性.

基于NSP平台的传统图计算框架则非常适合用于处理极大规模的图数据.因为图数据规模过大,无法完全都存储到内存上,这时候瓶颈通常出现在storage的数据访问上,所以对于storage的优化尤为重要.GraFBoost通过合并细粒度访问和减少CPU与storage之间的数据传输,有效地利用了storage的有限带宽,实现了高效的极大规模图计算加速架构.GraFBoost支持的算法有PR和BFS等归约形式的算法,不需要图数据具有特定的属性.

基于PIM平台的传统图计算框架计算效率非常高,比较适合能用矩阵乘法表示的图计算算法.基于ReRAM设计的DRAM容量能够达到TB级以上,非常适合存储超大规模的图数据.例如GraphR能利用ReRAM这个大存储特性处理大规模图数据,利用ReRAM的计算特性高效执行PR等算法.GraphR以及后续的GraphSAR和GRAM都不需要图数据具有特定的属性.

面向传统图计算应用的加速架构一般不适合用于图神经网络的加速,而面向图神经网络的加速架构一般也不适合用于传统图计算应用的加速.本质的原因是两者具有不一样的计算和访存行为,甚至是不一样的通信行为.具体的原因有3个:1)传统图计算应用的计算较为简单,而图神经网络的计算是密集的矩阵向量乘法或者是矩阵乘法;2)虽然传统图计算应用和图神经网络的访存都是不规则,但前者是不规则的细粒度访存而后者是不规则的粗粒度访存;3)虽然传统图计算应用和图神经网络的通信都是不规则,但前者是不规则的细粒度通信而后者是不规则的粗粒度通信.因此,HyGCN以及GraphACT等面向图神经网络的加速架构无法高效加速传统图计算应用,而传统图计算加速架构Graphicionado等也无法高效加速图神经网络.

8 展 望

本节将以图计算加速架构系统设计为主线,从测试评估与全栈系统设计这2个方面对图计算加速架构研究方向进行展望.

8.1 测试评估

测试评估的未来主要研究方向是准备具有代表性的图数据集合和算法模型测试集合,作为评估图计算加速架构性能和执行效率的标准.由于图计算应用解决问题的多样性,被用来测试的图数据应能表征图计算应用的多样性.同时,算法模型测试集也应能表征市场和应用场景的需求.基于上述标准设计的图计算加速架构,才能够面向市场和面向需求.

Fig. 13 The example of multimode graph data
图13 多模图数据例子

1) 构建具有代表性的图数据测试集合.为了表征问题的多样性,图数据集合应该具有3种特性:多样性、多维度和多模.多样性指的是图数据集合应具备表征主流应用领域数据的能力,例如人际关系和大脑神经元链接等.多维度指的是每个节点的属性应包含多个维度的信息.例如对于单个药物而言,它具有价格、保质期和使用方式等独立信息.多模指的是图数据中的节点和链接的类型是可以不统一的.例如图13所示,在包含人际关系和药物联系的混合图数据中,人与人之间的联系可以是患者与医生的治疗关系,而人与药物之间的联系可以是腰椎病患者与腰椎病药品的治疗方式.

目前已有众多大规模开源图数据集,可应用于传统的图计算应用中,例如SNAP实验室[76]、TAMU大学[77]和GraphVis[78]发布的数据集合.然而,由于图神经网络的图数据需要专家标注,因此应用于该新兴图计算应用的现有开源图数据集合类型少、规模小,且一般只涉及单模甚至单个维度.其中开源且被标注的图数据集合有德国多特蒙德大学[79]提供的数据集库和GraphVis[78]数据库,但规模仍较小.图神经网络架构的蓬勃发展亟需大型开源图数据集合.

2) 统一图数据存储方式.作为图计算应用的输入及核心处理数据,若开发者能够方便地获取具有统一存储形式的开源图数据集或者企业用户能够按照统一标准提供待处理的图数据,则可避免昂贵的数据预处理过程,并削弱图计算应用对通用处理器的依赖.因此,建立统一且高效的图数据存储标准,并受后续研发的图计算加速架构支持,能够有效降低图数据存储差异性导致的开发成本与数据中心的配置成本,是促进图计算加速架构产业化发展的有力途径之一,也是一个非常值得深入研究的方向.

3) 构建代表性算法测试集.图计算适用于众多现实应用场景,为不同领域完成图数据处理的工作,因此算法测试集合应具备既能全面表征其应用场景,又能体现发展方向的能力.虽然传统图计算应用的基准测试集非常多,但是目前应用于图神经网络的基准测试集仍非常少.因此为了全面评估图神经网络加速架构,准备具有代表性且能体现一定周期内图神经网络发展趋势的算法测试集合是一项极具应用价值的工作.

4) 分析算法的执行特征.专用加速器的设计核心在于针对应用的特定行为进行优化,因此在架构设计过程中,对应用进行深入分析,找到瓶颈所在是极为重要的环节.目前分析图神经网络的执行特征的工作仅有文献[19,25].在计算机架构研究领域,产业界和学术界鲜有对不同图神经网络模型的系统性分析,无法形成对新架构设计的指导.因此,对图神经网络算法测试集执行特征的分析必将成为辅助图计算加速器架构设计的研究方向之一.

8.2 系统设计

要完成图计算加速架构的产业化,必然需要一套完整的全栈系统设计方案,既能向上提供服务,又能向下挖掘极限性能和效率.具体而言,该方案须从软件接口和硬件设计这2方面应对如下需求和开展研究工作.

1) 友好的接口和高效的功能转换(易用性).为提高上层用户(算法开发和编程人员)的体验,面向用户的编程接口应该易用且友好.因此,开发易入门的编程框架是非常重要的.研究方向可以是基于或者借鉴PyTorch[80]或TensorFlow[81]等易入门且被广泛使用的编程框架设计图计算加速架构专用的编程框架.该编程框架应该能抽象各平台或者各类图计算加速架构的通信和控制接口,实现硬件透明和统一加速.因此,统一高效的编程接口也是图计算加速架构未来的研究方向之一.

研发高效的功能转换机制,根据算法设计人员的初始功能代码进行面向图计算加速硬件的优化,也能够保证软件的易用性.编译中间件是构建算法和架构间桥梁的关键.构建类似TVM的编译中间件,为已有图计算应用加速架构提取所支持加速的操作或者计算图,能够延长现有加速架构的使用寿命.因此构建编译中间件也是图计算加速架构未来的研究方向之一.

2) 通用图计算加速架构(通用性).为了解决更多图相关的问题和支持新种类的图数据,图计算加速架构应具有一定的通用性.图计算应用在日益更新,比如在新兴的图神经网络中,算法模型就在不断变化.除此之外,商品推荐图、社交网络等图都在不停地增加或者减少节点和链接.然而现有的工作普遍不支持动态图计算.传统的图计算应用、动态图计算和图神经网络应用的执行行为既有相同之处也有不同之处,设计能够同时高效支持这些应用的通用图计算加速架构,是非常具有吸引力和应用前景的研究方向.

3) 主客机或多节点互联高速通信接口(连通性).由于图数据的数据量极大且增速快,因此亟需一种高效的数据传输方案或者高速的通信接口,用于连接主机和加速架构,以及连接多节点加速架构的各个子系统.图计算应用加速架构无法成为一个完全独立的系统,并且为了兼容现有数据中心的需求,加速架构通常作为客机存在,也即作为协处理器,与主机相联.现有的通信接口,例如PCIE和NVLINK等目前无法满足大规模图计算对传输带宽的需求,导致传输成为了瓶颈.由于单节点系统内存在DRAM存储资源有限、片上储存资源有限和计算资源有限的问题,实现多个乃至上百个子系统互联,以建立更大型的图计算加速系统,提供更多的硬件资源是非常有必要的.因此,为大规模图计算加速架构设计主客机或多节点系统的高速通信接口也是未来的热门研究方向之一.

4) 多节点加速系统的拓展机制(可拓展性).多节点加速架构应该具有可拓展性,既能集合少量的子系统处理轻量的图计算任务,也能集合大量的子系统处理大型任务,以满足所提供的不同服务的需求.在节点的拓展过程中,如何实现线性的性能增长也将是未来的热门研究方向之一.

5) 大规模图计算加速系统的容错机制(容错性).容错能力对于处理大型图计算任务的系统来说,是非常重要的.图规模不断扩大,导致程序的执行时间也将不断增长.为了应对处理过程中出现的机器故障或者其他问题,整个系统必须具有容错的能力,从而能在故障发生之后快速恢复图计算应用的执行.因此,面向大规模图计算加速系统的容错机制也将是图计算加速架构未来的研究方向.

6) 大规模图计算加速系统的安全机制(安全性).性能和能效得到提升后,系统的安全性成为了新的需求.在图数据爆发和万物互联的时代,随着图计算应用领域不断扩张,越来越多的隐私数据被加速处理,因此对数据的安全性保护也变得愈加重要.没有用户希望自己的隐私被暴露在公共场合中,所以加速系统应该具有足够的安全保障,确保用户的数据不被泄露.因此,如何保障图计算加速系统中的数据安全也将是重要的研究方向.

7) 图计算加速架构专用模拟器(探索设计).为了对图计算加速架构的设计空间进行探索以及进行前期架构的验证,实现架构的模拟是行之有效且尤为重要的途径.图计算应用中的不规则执行行为会导致模拟器的执行非常慢,其次图数据规模的不断增大和加速器架构模拟细节的增加,对于加速架构的模拟更是雪上加霜.因此,为图计算加速架构定制模拟器的同时,加速模拟也尤为重要.除此之外,目前不存在能够完美支持所有图计算应用的加速架构.所以图计算加速架构的模拟器还应该具有一定的可配性,能够基于需求被配置用于探索各种可能性的图计算加速架构.具有一定可配性的图计算加速架构用模拟器必将大大促进整个图计算加速架构研究社区的发展.因此,结合图计算应用的执行行为和图数据的特征提升图计算加速架构模拟器的模拟速度,以及设计可配置的图计算加速架构模拟器也将是未来热门的研究方向.

8) 基于RISC-V的图计算加速系统研究(加速定制).图计算加速系统的设计可以基于现有RISC-V联盟的开源资源,减少开发周期和开发成本.RISC-V联盟可以为定制图计算加速系统提供生态系统和各种开源工具,其具体优势有:①RISC-V指令集的模块性强,并提供可修改性.其中P指令和V指令可被定制为特定应用需要的功能.例如,可用于定制感知图数据结构的访存指令,从而优化预取效率;或者用于定制粗粒度原子操作指令,提高并行度和减低原子操作开销.②RISC-V联盟提供了编译工具到模拟器、到IC综合工具的全套工具链.基于开源的工具链,开发者能够在其上为图计算加速系统的定制优化做修改,从而大大提高产业化速度,降低研发成本,并为可持续开发和优化提供可能性.除此之外,各种开源已验证的IP均可用于芯片的设计,例如利用OmniXtend互联接口接连多个子系统或内存子系统.③由于主机和加速器之间的指令集统一且RISC-V指令集无需授权即可修改,所以可以完全消除主机与图计算加速器之间的数据传输,控制直接相连并共享存储,同时还能实现主机与加速器之间的无缝任务迁移.

综上所述,RISC-V构建的生态系统为构建图计算加速全栈系统提供了非常多有利的工具和资源,为系统的实现和优化增加了更多的可能性.因此,基于RISC-V的图计算加速系统也将成为未来的研究方向之一.

9 总 结

本文以图计算应用加速遇到的关键挑战为导向,以解决方案为核心,基于计算机金字塔组织结构,从上到下,逐层对图计算加速架构的研究现状进行了系统的归纳和总结.除此之外,本文以第1款图神经网络加速器HyGCN作为案例,对新兴图计算应用加速架构进行着重介绍.最后,本文从未来图计算加速架构的测试评估与全栈系统设计的角度,对图计算加速架构未来研究方向进行了展望.我们相信本文对传统图计算加速架构和图神经网络加速架构的系统性总结和前沿研究方向的展望将有助于读者了解图计算加速架构的研究现状和图计算加速架构的前沿研究方向.

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A Survey on Graph Processing Accelerators

Yan Mingyu1,2,3 , Li Han1,2, Deng Lei3, Hu Xing3, Ye Xiaochun1, Zhang Zhimin1, Fan Dongrui1,2, and Xie Yuan3

1(State Key Laboratory of Computer Architecture (Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences), Beijing 100190)2(University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049)3(University of California at Santa Barbara, Santa Barbara, California, USA 93106)

Abstract In the big data era, graphs are used as effective representations of data with the complex relationship in many scenarios. Graph processing applications are widely used in various fields to dig out the potential value of graph data. The irregular execution pattern of graph processing applications introduces irregular workload, intensive read-modify-write updates, irregular memory accesses, and irregular communications. Existing general architectures cannot effectively handle the above challenges. In order to overcome these challenges, a large number of graph processing accelerator designs have been proposed. They tailor the computation pipeline, memory subsystem, storage subsystem, and communication subsystem to the graph processing application. Thanks to these hardware customizations, graph processing accelerators have achieved significant improvements in performance and energy efficiency compared with the state-of-the-art software frameworks running on general architectures. In order to allow the related researchers to have a comprehensive understanding of the graph processing accelerator, this paper first classifies and summarizes customized designs of existing work based on the computer’s pyramid organization structure from top to bottom. This article then discusses the accelerator design of the emerging graph processing application (i.e., graph neural network) with specific graph neural network accelerator cases. In the end, this article discusses the future design trend of the graph processing accelerator.

Key words graph processing; graph neural network; accelerator; irregular memory access; data locality; dynamic data access scheduling; workload balance

(yanmingyu@ict.ac.cn)

收稿日期2020-02-26;修回日期:2020-05-13

基金项目国家重点研发计划项目(2018YFB1003501);国家自然科学基金项目(61732018,61872335,61802367,61672499);中国科学院战略性先导科技专项(C类)(XDC05000000);数学工程与先进计算国家重点实验室开放基金(2019A07)

This work was supported by the National Key Research and Development Plan of China (2018YFB1003501), the National Natural Science Foundation of China (61732018, 61872335, 61802367, 61672499), the Strategic Priority Research Program of Chinese Academy of Sciences (XDC05000000), and the Open Project Program of the State Key Laboratory of Mathematical Engineering and Advanced Computing (2019A07).

通信作者叶笑春(yexiaochun@ict.ac.cn)

中图法分类号 TP303

Yan Mingyu, born in 1990. PhD. Student member of CCF. His main research interests include graph-based hardware accelerator and dataflow architecture.

严明玉,1990年生.博士,CCF学生会员.主要研究方向为基于图的硬件加速器和数据流架构.

Li Han, born in 1994. PhD candidate. Student member of CCF. Her main research interests include computer architecture and graph-based hardware accelerator. (lihan-ams@ict.ac.cn)

李 涵,1994年生.博士研究生,CCF学生会员.主要研究方向为计算机体系结构和基于图的硬件加速器.

Deng Lei, born in 1990. Postdoctoral fellow at University of California, Santa Barbara, CA, USA. His main research interests include brain-inspired computing, machine learning, neuromorphic chip, computer architecture, tensor analysis, and complex networks. (leideng@ucsb.edu)

邓 磊,1990年生.美国加州大学圣塔芭芭拉分校博士后.主要研究方向为类脑计算、机器学习、神经形态芯片、计算机体系结构、张量分析和复杂网络.

Hu Xing, born in 1988. Postdoctoral fellow at University of California, Santa Barbara, CA, USA. Her main research interests include domain-specific architectures and deep learning system security. (xinghu@ucsb.edu)

胡 杏,1988年生.美国加州大学圣塔芭芭拉分校博士后.主要研究方向为特定领域架构和深度学习系统安全.

Ye Xiaochun, born in 1981. PhD, associate professor. Member of CCF. His main research interests include software simulation, algorithm paralleling and optimizing, and architecture for high-performance computer.

叶笑春,1981年生.博士,副研究员,CCF会员.主要研究方向为软件仿真、算法并行和优化、高性能计算机架构.

Zhang Zhimin, born in 1963. Professor and PhD supervisor. Senior member of CCF. His main research interests include SoC design and computer architecture. (zzm@ict.ac.cn)

张志敏,1963年生.研究员,博士生导师,CCF高级会员.主要研究方向为SoC设计和计算机体系结构.

Fan Dongrui, born in 1979. PhD, professor, PhD supervisor. Distinguished member of CCF. His main research interests include many-core processor design, high throughput processor design and low power micro-architecture. (fandr@ict.ac.cn)

范东睿,1979年生.博士,研究员,博士生导师,CCF杰出会员.主要研究方向为众核处理器设计、高通量处理器设计和低功耗微架构.

Xie Yuan, born in 1974. Received his PhD degree from Electrical Engineering Department, Princeton University in 2002. Professor. Fellow of ACM and IEEE. His main research interests include VLSI design, electronic design automation, computer architecture, and embedded systems design. (yuanxie@ucsb. edu)

谢 源,1974年生.于2002年在普林斯顿大学电气工程学院取得博士学位.教授,ACM和IEEE会士.主要研究方向为VLSI设计、电子设计自动化、计算机体系结构和嵌入式系统设计.